Para identificar qual encargo (INSS, IRRF, PIS) está apresentando diferença entre DCTFWeb e Sistema, primeiro, caso a diferença seja de centavos, verifique se em Controle > Parâmetros, na guia Geral > Cálculo, a opção '[x] Efetuar cálculo de Tributos federais conforme DCTFWeb a partir de', está selecionada, ela é fundamental para o cálculo correto, após selecionar, faça a apuração dos tributos. Caso a diferença persista, acesse o portal do eCAC e compare os valores declarados no eSocial e EFD Reinf com a Apuração de Tributos Federais do Sistema, dessa forma:
Na DCTFWeb
1. Acesse o Portal do eCAC, clique em Declarações e Demonstrativos e localize 'Assinar e Transmitir DCTFWeb';
2. Serão listadas as declarações, clique no botão [Editar] para ver mais detalhes;
3. Clique no sinal de + para visualizar a apuração detalhadamente.
No Sistema Domínio
1. Acesse o menu Processos > Apuração de Tributos Federais;
2. Informe a Competência e clique no botão [Apurar] e em [Sim].