Essa situação acontece pois o eSocial considera a data de pagamento configurada nos Parâmetros e não a data informada no RPA.
Já estamos trabalhando para ajustar essa situação, para que o eSocial considere a data informada do RPA.
Enquanto isso, como paliativo, para que sistema e DCTFWeb tenham o mesmo valor, você pode ajustar a data do pagamento no cálculo da folha:
1 - Acesse o menu Relatórios > e-Social > Eventos periódicos;
2 - Informe a competência e selecione '[x] Efetuar Reabertura' e clique no botão [Enviar];
3 - Após a validação, selecione '[x] S-1210 - Pagamentos', clique no botão [Excluir eSocial] e faça a exclusão somente do pagamento do RPA;
4 - Depois de validado, acesse o menu Processos > Cálculo;
5 - Informe a Competência, no botão [Seleção...], selecione apenas o Contribuinte RPA e clique em [OK];
6 - Em seguida, clique no botão [Data de pagamento], no campo Contribuintes, informe a data de pagamento do RPA e clique em [Gravar];
7 - Na sequência, clique no botão [Calcular];
8 - Após, faça o reenvio dos eventos S-1200, S-1210 e S-1299 e avalie que será ajustado o valor do IRRF na DCTFWeb.