Para resolver você precisa conferir toda a configuração da estrutura do DRE, para que não tenha linhas Total abaixo de linhas Total, conforme abaixo:
1 - Acesse o menu Relatórios > Demonstrativos > DRE, clique no botão [Estrutura DRE];
2 - Localize as linhas com Operação Total e Configuração Inicia SubTotal, e veja se dentro desse grupo existe alguma outra linha com Operação Total;
3 - Então, altere a Operação das linhas abaixo para Contas;
4 - Clique em [Gravar] para concluir, e emita novamente o SPED ECD.