Isso acontece, porque não foi informado o valor mínimo para retenção na tabela do IRRF.
Para ajustar a Tabela de IRRF:
1 - Acesse menu Arquivo > Tabelas > IRRF > Progressiva;
2 - No campo Mínimo para Retenção, informe 10,00 e depois clique no botão [Gravar];
3 - Após, faça o recálculo da folha.
OBS: Mas atenção, para os cálculos de tributação exclusiva, que é o caso do 13° Salário, PLR e RRA, poderá ser feita a retenção menor que R$ 10,00 reais na folha.