Essa mensagem ocorre quando em Utilitários > Cobrança Registrada for selecionado uma conta financeira com tipo Domínio Conta PJ.
Os boletos da Conta PJ são registrados automaticamente no momento da emissão, sem necessidade de emissão de arquivo de remessa. Por esse motivo a mensagem é apresentada, porque não tem necessidade de arquivos de remessa para Conta PJ.