Utilize o utilitário de vinculação do plano referencial para identificar as contas que não estão vinculadas e faça o vínculo. Após, é só regerar os lançamentos referenciais, conforme abaixo:
1 - Acesse o menu Utilitários > Vincular Plano Referencial às Contas Contábeis;
2 - No quadro Opções, marque as opções '[x] Ocultar contas contábeis vinculadas ao plano de contas referencial' e '[x] Ocultar contas contábeis sem movimento';
3 - No quadro Plano de Contas Referencial, selecione o plano referencial utilizado pela empresa;
4 - Após, você terá o plano contábil do lado esquerdo e o referencial do lado direito, selecione as contas que deseja vincular e clique em [Gravar vínculo];
5 - Faça esse procedimento para todas as contas contábeis, com exceção a conta de 'ARE - Apuração do Resultado do Exercício', que não precisa ser mapeada, desde que nos parâmetros tenha a natureza com grupo 'Outros';
6 - Após, acesse o menu Utilitários > Ajustes de Lançamentos para SPED ECF > Gerar Lançamentos para Contas Referenciais por Período;
7 - No quadro Filtro, marque a opção e informe no campo Data inicial e Data final o mesmo período de emissão do SPED ECF;
8 - Clique em [Listar], depois em [Todos], e por fim em [Gerar];
Emita o relatório de relacionamento das contas para identificar as contas que possuem mais de uma referencial vinculada. Após, ajuste o cadastro das contas com problema, deixando apenas uma conta referencial, e regere os lançamentos referenciais, conforme abaixo:
1 - Acesse o menu Relatórios > Plano Referencial > Relacionamento de Contas;
2 - No quadro Plano de contas referencial, selecione o plano que a empresa utiliza;
3 - No quadro Opções, marque as opções '[x] Destacar linhas' e '[x] Imprimir somente as contas com mais de uma conta referencial vinculada';
4 - Clique em [OK] para emitir o relatório, sendo que nesse relatório será demonstrado todas as contas que possuem mais de uma referencial vinculada;
5 - Após, acesse o menu Arquivo > Contas Contábeis;
6 - Localize o cadastro da conta com problema, e na guia Planos referenciais > SPED ECF/SPED Contábil, exclua as contas referenciais erradas, deixando apenas uma conta referencial vinculada na conta contábil;
7 - Clique em [Gravar] para concluir, e repita esse procedimento em todas as contas que estão com esse problema;
8 - Após, acesse o menu Utilitários > Ajustes de Lançamentos para SPED ECF > Gerar Lançamentos para Contas Referenciais por Período;
9 - No quadro Filtro, marque a opção e informe no campo Data inicial e Data final o mesmo período de emissão do SPED ECF;
10 - Clique em [Listar], depois em [Todos], e por fim em [Gerar];