Geralmente o erro ocorre, quando a nota que está sendo importada é cancelada/denegada e possui informações de exclusão de PIS e COFINS.
1 - Acesse Arquivos > Configuração de importação e escolha o tipo de importação utilizada;
2 - Na guia Saídas ou Entradas > Impostos, desmarque a opção '[x] Deduzir o valor do ICMS da base de cálculo do PIS e COFINS';
3 - Clique em [Gravar] para concluir as configurações;
4 - Realize a importação das notas e observe que o erro não será apresentado.