A mensagem ocorre quando há diferença de centavos entre o ICMS do valor dos produtos com relação à diferença do ICMS das Situações Tributárias, esta diferença se dá devido ao arredondamento.
1 - Acesse o menu Arquivos > Configuração de Importação e clique em Cupom Fiscal;
2 - Na guia Opções, no quadro Geral, selecione a opção '[x] Ajustar diferença entre o valor do ICMS do estoque com o valor do ICMS das situações tributárias'.
3 - Clique em [Gravar] para concluir a alteração;
4 - Realize a importação novamente e avalie o resultado.