Esses erros ocorrem, pois algumas prefeituras utilizam um sistema de importação a qual utiliza uma codificação diferente do esperado pelo sistema.
Para a correção dos erros, é necessário realizar a conversão do arquivo conforme os passos abaixo:
Pelo Bloco de Notas:
1 - Localize o arquivo e abra com o Bloco de Notas do Windows;
2 - Clique Arquivo > Salvar como e no campo codificação, selecione 'ANSI'
Após, realize uma nova importação e observe que os erros não serão mais apresentados.
Pelo Notepad++:
1 - Realize o download da ferramenta
Notepad++;
2 - Abra o arquivo que deve ser importado com o Notepad ++;
3 - Na guia Formatar, selecione a opção 'Converter para ANSI';
4 - Salve o arquivo.
Após, realize uma nova importação e observe que os erros não serão mais apresentados.