1 - Na empresa Matriz acesse o menu Controle > Parâmetros;
2 - Na guia Geral > Federal > Opções, selecione a opção '[x] Processa filiais/ é filial;
3 - Clique em [Gravar] para concluir.
4 - Após, acesse as empresas Filiais e faça este mesmo procedimento, desta forma os impostos federais serão apurados na Matriz.
OBS: No cadastro das filiais (menu Controle > Empresas), o CNPJ raiz deve ser o mesmo da matriz.