Essa advertência ocorre no envio do pagamento S-1210 devido a mudança do Leiaute 1.2 do eSocial, quando as rubricas de provento e desconto, possuem a mesma incidência de IRRF '9', para não ter base negativa o eSocial diminui uma da outra e zera os valores, assim emite ao aviso.
1 - Como esse erro, é apenas um aviso que não impede o envio do pagamento, para essa situação:
2 - No Painel de Pendências do eSocial, no botão [Validados], guia Advertências;
3 - Selecione o evento com o erro e clique na coluna '[x] Ajustada';
4 - Após, feche a janela e abra novamente. O evento será exibido na guia Periódicos.