Nessa solução será possível realizar a exclusão de ICMS da Base de Cálculo de PIS e COFINS desde que no arquivo xml possua a tag 'vICMSOutraUF' assim será importado para a coluna Exclusões do lançamento.
Configuração de Importação
1 - Acesse o menu Arquivos > Configuração de Importação > CT-e e CT-eOS Arquivo XML;
2 - Na guia Saídas > Acumuladores, informe uma configuração com acumulador que possua o imposto '01-ICMS' e os impostos de PIS e COFINS;
3 - Na guia Saídas > Impostos > Opções, assinale a opção '[x] Deduzir o valor do ICMS Outra UF da base de cálculo do PIS e COFINS';
4 - Clique em [Gravar] e realize a importação.
Lançamentos
1 - Acesse o menu Movimentos > Saídas e localize a nota importação;
2 - Observe na guia Estoque e/ou SPED de acordo com o Critério de cálculo utilizado pela sua empresa, nessas guias você poderá avaliar a coluna de Exclusões;
3 - Confira as informações geradas no lançamento para concluir.