Esse erro ocorre ao enviar a exclusão de um evento (S-3000) que não existe no Portal do eSocial.
Para resolver, valide o evento manualmente com um número de recibo fictício:
1. Acesse o Painel de Pendências do eSocial, na guia Invalidados;
2. Selecione o evento S-3000 e clique no botão [Validar Manualmente];
3. Informe um número de recibo fictício, por exemplo '1.1.0000000000000000000' e clique no botão [Enviar];
4. Caso tenha mais de um evento com este mesmo erro, o número de recibo fictício deve ser diferente para cada evento;
5. Na guia Em Processamento, acompanhe a validação do evento.