Ao emitir o relatório anexado na solução anterior, será possível identificar as notas da seguinte forma:
1 - Acesse o menu Movimentos > Saídas;
2 - Localize o lançamento indicado no Relatório;
3 - Avalie a situação do documento fiscal, se realmente possui valor contábil zero, tal como se o mesmo realmente irá calcular PIS e COFINS.
Normalmente estes lançamentos são realizados a título de apuração de ICMS, sem a necessidade de PIS e COFINS no acumulador.
Caso necessário, altere a Situação do documento fiscal para Cancelado, etc.
Após o ajuste, realize a apuração novamente e avalie o resultado.