Essa mensagem pode acontecer nas seguintes situações:
1 - Empresa Matriz e Filial, onde no módulo Contabilidade da empresa Matriz foi configurado para centralizar os lançamentos contábeis, e nos módulos Escrita Fiscal, Folha e Patrimônio da Filial não foi definido para gerar os lançamentos na Matriz;
2 - Empresas cadastradas no sistema com mesmo CNPJ. Ex.: Você cadastra uma empresa com o CNPJ X, e cadastra uma outra empresa com o mesmo CNPJ X para fazer um teste ou algum outro procedimento;
Como a Matriz está configurada para centralizar todos os lançamentos das Filiais, você terá de acessar os módulos Escrita Fiscal, Folha de Pagamentos e Patrimônio das empresas Filiais, e terá de configurar para que os lançamentos integrados por esses módulos também sejam gerados na Matriz, tendo em vista que a contabilidade é centralizada. Siga conforme abaixo para cada módulo:
ESCRITA FISCAL
1 - Nas empresas Filiais;
2 - Acesse o menu Controle > Parâmetros;
3 - Na guia Geral > Contabilidade > Opções, marque a opção '[X] Gerar lançamentos em outra empresa';
4 - No campo Código da Empresa, informe o código da empresa Matriz;
5 - Clique no botão [Gravar], para gravar os parâmetros da empresa;
6 - Faça esse procedimento para todas as empresas Filiais.
OBS: Caso a opção '[X] Gerar lançamentos em outra empresa' não estiver habilitada na empresa Filial, será necessário marcar a opção 'Processa filiais / é filial' na guia Geral > Federal > Opções
FOLHA DE PAGAMENTOS
1 - Nas empresas Filiais;
2 - Acesse o menu Controle > Parâmetros;
3 - Na guia Contabilidade, selecione a opção [x] Gera lançamentos contábeis, e no campo Gera lançamentos na empresa, selecione a empresa Matriz;
4 - Clique no botão [Gravar], para gravar os parâmetros da empresa;
5 - Faça esse procedimento para todas as empresas Filiais.
PATRIMÔNIO
1 - Nas empresas Filiais;
2 - Acesse o menu Controle > Parâmetros;
3 - Na guia Contabilidade > Geral, campo Empresa onde serão gerados os lançamentos, selecione na combo a empresa Matriz;
4 - Clique no botão [Gravar], para gravar os parâmetros da empresa;
5 - Faça esse procedimento para todas as empresas Filiais.
O sistema Domínio considera para a identificação se a empresa é Matriz e Filial o CNPJ raiz da empresa. Então se você tem mais de uma empresa cadastrada com o mesmo CNPJ, essa mensagem poderá ser apresentada, tendo em vista que a empresa origem pode ter filiais e ter a contabilidade centralizada, daí o sistema vai entender que a segunda empresa cadastrada com mesmo CNPJ precisa estar direcionando os lançamentos para a empresa original. Se o seu caso for esse, não temos muito o que fazer, você poderá estar colocando outro CNPJ na segunda empresa, ou poderá estar desconsiderando a mensagem, caso confirmar que não tem situações ligadas a causa 1 dessa solução.